Los principios que rigen la organización y vida institucional del Consejo Shipibo-Konibo y Xetebo son:
- Reafirmación de los valores ancestrales del pueblo Shipibo-Konibo.
- Buen vivir como modelo de vida y justicia.
- Representación institucional unitaria del pueblo Shipibo-Konibo.
- Autodeterminación y autogobierno indígena.
- Valoración de la mujer, jóvenes y ancianos.
- Gobernanza Indígena en el mundo Shipibo-Konibo y Xetebo
- Interacción intercultural en un mundo globalizado.
- Unidad en la diversidad, acción compartida y colaborativa.
- Respeto a las normas nacionales e internacionales sobre derechos colectivos.