Los objetivos centrales del Consejo Shipibo-Konibo y Xetebo, son los siguientes:
- Representar unitaria y corporativamente al pueblo Shipibo-Konibo y Xetebo de la cuenca del río Ucayali, su vocero y referente institucional a nivel nacional e internacional respecto al desarrollo indígena con identidad cultural.
- Mejorar las condiciones de vida del pueblo Shipibo-Konibo y Xetebo a través de la ejecución de programas y proyectos sociales, culturales, económicos y ambientales orientados al desarrollo de las comunidades Shipibo-Konibo.
- Apoyar los emprendimientos productivos que generen ingresos económicos a través de micro y pequeña empresa de empresarios shipibos o los que se desarrollen de manera asociada con terceros, en el marco del enfoque y práctica de la gestión territorial del pueblo Shipibo-Konibo y Xetebo.
- Promover y desarrollar actividades de manejo de recursos naturales in situ y ex situ de la flora, fauna y recursos hidrobiológicos a través de convenios o contratos con entidades públicas y privadas, así como con la cooperación internacional.
- Fomentar el aprovechamiento sostenible de la biodiversidad tropical, investigación de los conocimientos tradicionales propiciado por los mismos indígenas e incentivar las cadenas de valor y su articulación al mercado, de modo tal que genere ingresos económicos y bienestar a las familias del pueblo Shipibo-Konibo y Xetebo.
- Lograr el fortalecimiento de capacidades de los miembros de las comunidades Shipibo- Konibo, mediante programas de formación y especialización profesional, así como estrategias de capacitación técnica y tecnológica a favor de los hermanos indígenas que tengan habilidades y competencias de generar la transformación primaria de los productos, bienes y del bosque.