Dividida en dos ramas con distintas funciones, una formada por economistas y abogados y otra por ingenieros, ambas ramas trabajan paralelamente y cooperativamente para el cumplimiento de los objetivos.
Esta Comisión es uno de los elementos más importantes de la Asociación Española de Apoyo al Pueblo Shipibo Konibo. Su objetivo principal, apoyar en la consecución del desarrollo económico el pueblo Shipibo, de manera que pasen de una economía asistencialista, a una economía autosuficiente y sostenible.